Madagaskar ist das Reptilienparadies schlechthin und besonders bekannt für seine Chamäleons. 96 der aktuell beschriebenen 217 Chamäleon-Arten kommen nur auf Madagaskar vor. Mit ihren Schleuderzungen, den um 342° unabhängig voneinander beweglichen Augen, den zu Greifzangen umgeformten Händen und Füßen sowie der riesigen Farbvielfalt wirken sie wie Fabelwesen. Leider sind diese schönen Tiere bei den Einheimischen wenig beliebt, werden aber zumindest in der Regel nicht angefasst und damit auch nicht getötet. Insbesondere das Pantherchamäleon (Furcifer pardalis), das fast auf ganz Madagaskar verbreitet ist, ist für seinen vielen verschiedenen, knallbunten Farbvarianten bekannt.
Aber auch die größten Chamäleons der Welt, das Parsons Chamäleon (Calumma parsonii) oder das Riesenchamäleon (Furcifer oustaleti) mit bis zu 70 cm Gesamtlänge sind geschätzte Fotomotive bei Madagaskarreisenden. Passend dazu lebt auf Madagaskar natürlich auch das kleinste Chamäleon und gleichzeitig kleinstes Reptil der Welt, Brookesia micra (der Name ist Programm) mit mindestens 16 mm Körperlänge und vielen nur geringfügig größeren Verwandten. Diese Zwerge zwischen Laub und Gestrüpp auszumachen kann eine tagesfüllende Aufgabe sein. Für seltenere Arten wie Furcifer belalandaensis oder Furcifer angeli muss man gute Guides mitbringen, die die bevorzugten Aufenthaltsorte der Tiere genau kennen – und selbst die müssen manchmal lange suchen.
Weitere Sympathieträger unter den Schuppentieren Madagaskars sind die Schildkröten, wobei vier Landschildkröten-Arten auf der Insel endemisch vorkommen. Der häufigste bepanzerte Vierbeiner ist die Strahlenschildkröte (Astrochelys radiata), seltener und nur in bestimmten Gebieten aufzustöbern sind die Spinnenschildkröte (Pyxis arachnoides) und die Flachrückenschildkröte (Pyxis planicauda). Eine der seltensten Schildkröten der Welt, die hochbeinige, hellbepanzerte Schnabelbrustschildkröte (Astrochelys yniphora), hat ihre Heimat ebenfalls auf Madagaskar gefunden. Man geht davon aus, dass es von diesen wunderschönen, bis zu 45 cm großen Tieren keine 200 Individuen mehr gibt. In der Nähe von Ankarafantsika gibt es für einige Arten, darunter auch diese, eine Nachzuchtstation zum Schutz und Erhalt der seltenen Arten. Die immer mal wieder anzutreffende Glattrand-Gelenkschildkröte (Kinixys zombensis domerguei) wurde wahrscheinlich von Menschen auf die Inseln im Norden (Nosy Be, Nosy Faly) gebracht. Rund um und in Madagaskar gibt es natürlich auch Wasserschildkröten, von denen die größte die madagassische Schienenschildkröte (Erymnochelys madagascariensis) ist. Am bekanntesten bei Tauchern und Globetrottern dürften die Meeresschildkröten sein, davon kommen hier unter anderem die Suppenschildkröte (Chelonia mydas) sowie die unechte Karettschildkröte (Caretta caretta) und die größte lebende Meeresschildkröte, die Lederschildkröte (Dermochelys coriace), vor.
Neugierige Bewohner der Wälder Madagaskars sind die Schildechsen, von denen hiernur die Gattungen Zonosaurus und Tracheloptchyus vorkommen. Es sind fast überall anzutreffende, hübsche Echsen mit Längsstreifen, die wieselflink über die Wege huschen. Man verwechselt sie leicht mit Skinken, die ebenfalls weit verbreitet sind. Spannend sind die nur schwierig auffindbaren (da in der Regel erden eingegrabenen) Skinke der Gattungen Pseudoacontias, Paracontias und Voeltzkowia, die durch die zurückgebildeten Gliedmaßen eher kleinen Würmern oder Schlangen ähneln.
An Leguanen beherbergt Madagaskar nur wenige und relativ kleinbleibende Arten in Trockenwäldern und Steppenregionen, die aber ausschließlich hier vorkommen und daher eine eigene Familie, die Madagaskarleguane (Oplurus), bilden. Zu ihnen gehört unter anderem der mit bis zu 38 cm etwas größere Baumleguan (Oplurus cuvieri). Im Süden der Insel findet man unter anderem eine auffälligere, aber auch die kleinste Art, bei der die Männchen ein Nackenschild besitzen: Den Sandleguan (Chalarodon madagascariensis).
Geckos sind überall vorkommende, alltägliche Begleiter auf Madagaskar. Mit ihren Lamellenfüßchen können sich sich an Bäumen, Häuserwänden und -decken festhalten. Baum- und Unterholzbewohner sind die Gattungen Blaesodactylus und die Fischschuppengeckos (Geckolepis), wobei letztere bei Berührung ganze Teile ihrer Haut abwerfen können, um den Angreifer zu verwirren und derweil zu flüchten. Kleine Weltenbummler sind die fast überall auf der Erde anzutreffenden Hemidactylus, die auch auf Madagaskar vorkommen.
Bekannt ist Madagaskar für seine nur hier vorkommenden, nachtaktiven Blattschwanzgeckos (Uroplatus). Diese grandios getarnten Tiere drücken sich tagsüber an Äste und Baumstämme, wobei ihre Hautfortsätze jegliche Kontur auflösen und es dem ungeübten Betrachter fast unmöglich machen, die Geckos zu finden. Der größte Blattschwanzgecko ist Uroplatus giganteus mit einer beeindruckenden Länge von bis zu 34 cm, aber auch die kleineren Gattungsvertreter wie Uroplatus ebenaui oder Uroplatus phantasticus sind sehr sehenswert. Ebenfalls gewissermaßen berühmt sind die Taggeckos Madagaskars. Die oft neongrünen, großen Vertreter der Art wie der große Madagaskar-Taggecko (Phelsuma grandis) oder der Standings Taggecko (Phelsuma standingi) sind beliebte Pfleglinge in der Terraristik und in ihrer Heimat gern gesehene Vertilger von Moskitos und Fliegen. Kleinere Vertreter wie der bläuliche Phelsuma klemmeri oder der mit Goldstaub versehen Phelsuma laticauda sonnen sich auf Palmen und an den Holzstämmen der Bungalows in feuchten, warmen Regionen – und sie sind natürlich beliebte Fotomotive. Auch aus der Gattung Lygodactylus gibt es einige farbenprächtige Vertreter auf Madagaskar.
Gefährliche Giftschlangen gibt es auf Madagaskar nicht. Auch wenn einige Trugnattern, wie die Madagaskar-Hakennasennatter (Leioheterodon madagascariensis), im hinteren Teil des Kiefers Giftzähne besitzen, ist ihr Gift nur schwach und lediglich bei allergischen Reaktionen gefährlich für den Menschen. Diese hübschen Schlangen können mit bis zu 1,5 m relativ groß werden, gehen Reisenden aber wie die meisten ihrer Verwandten lieber aus dem Weg. Ebenfalls mit Giftzähnen versehen, aber genauso weder angriffslustig noch gefährlich sind die schlanken, schnellen Blattnasennattern (Langaha). Welchen Zweck ihre skurrilen Nasenfortsätze eigentlich haben, wurde noch nicht herausgefunden. Auf Madagaskar kommen ansonsten vor allem Würgeschlangen aus der Familie der Boas vor. Im Geäst oder unter Baumstämmen findet man die Madagaskar-Hundskopfboa (Sanzinia madagascariensis) oder die bis zu 2,70 m lange Madagaskarboa (Acrantophis). Kleinere Vertreter der arm- und beinlosen Schuppentiere sind beispielsweise Madagascarophis, Stenophis, Ithycyphus, Pseudoxyrhopus und Compsophis. In trockenen Gebieten trifft man des Öfteren die Mahafalynatter (Mimophis mahfalensis), eine schmale, neugierige und harmlose Schlange, die sich leicht fotografieren lässt.
Selbst die größten, gefährlichsten und ältesten Vertreter der Reptilien, die Krokodile, haben Vertreter auf Madagaskar. Eine einzige Art kommt – meist schwer zu entdecken – in den Seen und Flüssen der Insel vor: Das Nilkrokodil (Crocodylus niloticus madagascariensis). Mit bis zu sechs Metern Länge sind die Panzerechsen äußerst beeindruckende Tiere, denen man lieber aus dem Weg gehen sollte – entsprechende Warnschilder stehen in der Regel nicht ohne Grund an Gewässern.
Fast jedes Jahr werden auf Madagaskar neue Reptilien-Arten entdeckt und viele spannende Regionen sind noch gänzlich unberührt und unerforscht. Die meisten Gebiete sind jedoch stark bedroht, sei es durch die immer weiter um sich greifende Brandrodung großer Grünflächen, dem Handel und der damit verbundenen Abholzung seltener, teurer Gehölze oder der sich stetig weiter ausbreitenden menschlichen Siedlungen. Das Verständnis, dass sich mit der vielfältigen Fauna Madagaskars Geld durch Ökotourismus verdienen ließe und die Zerstörung auch die eigene Lebensgrundlage langfristig zerstört, steckt vielerorts noch in den Kinderschuhen. Es bleibt abzuwarten, wie lange sich viele der bedrohten Arten überhaupt noch auf Madagaskar halten können.