Der Betsiboka ist mit 525 Kilometern einer der längsten Flüsse Madagaskars. Er entspringt auf rund 1600 Metern über Meeresniveau im zentralen Hochland. Von dort fließt er in nordwestlicher Richtung, passiert die Hauptstadt Antananarivo und verläuft mäanderförmig weiter. Der Betsiboka verfügt über ein Wassereinzugsgebiet von rund 11.800 km². Einige Bereiche im Hochland werden mittels Stauseen zur Energiegewinnung genutzt.
Während der Regenzeit führt der Betsiboka enorm viel Wasser. Er nimmt dabei viel Sediment mit und lagert es an anderer Stelle wieder ab. An langsam fließenden Stellen entstehen dadurch sogenannte Alluvialböden. Hier und da kommt es zur Verlagerung des Flussbettes. Vor allem roter Laterit sorgt dabei für die typische rote Farbe des Betsibokas. Der rote Fluss ist die Lebensquelle etlicher kleiner Galeriewälder, die jedoch zunehmend von Menschenhand zerstört werden. Er sorgt aber gleichzeitig auch für das Leben, das an seinen Ufern lebt. Die Menschen entlang des Flusses waschen ihre Wäsche im Betsiboka, baden darin, lassen ihre Rinder darin saufen und entnehmen Trink- und Brauchwasser aus dem Strom.
Nördlich von Maevatanana mündet der Ikopa, der ebenfalls aus dem zentralen Hochland kommt, in den Betsiboka. Kurz davor liegt eine berühmte Brücke, über die die Route Nationale 4 führt. Eine super Gelegenheit für Fotos! Der Betsiboka mündet schließlich in die Bucht von Bombetoka an der Westküste Madagaskars. Die Bucht gehört zum Kanal von Mosambik. An der Bucht liegt auf der einen Seite die große Hafenstadt Mahajanga, auf der anderen die Halbinsel Katsepy.
Berühmt wurde die Mündung des Betsiboka immer wieder durch Fotos, die von der Internationalen Raumstation ISS aus aufgenommen wurden. Diese zeigen eindrücklich, wie sich das rote Wasser des Flusses mit dem blaugrünen Meerwasser der Bucht vermischt. Vielfach wurde das Foto mit dem Titel „Madagaskar blutet aus“ versehen. Tatsächlich ist der Betsiboka immer rot verfärbt und nicht nur zeitweise. In der Regenzeit führt der Betsiboka jedoch wesentlich mehr Wasser, wodurch die Bucht von Bombetoka deutlich mehr verfärbt wird als während der Trockenzeit bei niedrigerem Wasserpegel. Außerdem lässt sich in den Aufnahmen über die Jahre und auch mittels Studien nachweisen, dass der Betsiboka in den letzten 70 Jahren immer mehr Sediment mitnimmt. Durch die zunehmende Abholzung, Beweidung durch Zebus und Brandrodung sowohl im Hochland als auch in den übrigen Gebieten, die der Betsiboka durchfließt, nehmen Erosionen auf Madagaskar stark zu. Dies führt zu vermehrtem Sediment-Eintrag in den Fluss als noch vor einigen Jahrzehnten. Das Problem hat direkten negativen Einfluss auf Fischerei und Schifffahrt auf dem Betsiboka insbesondere im Mündungsbereich um Mahajanga. Genauso problematisch ist der Sediment-Eintrag jedoch für Reis– und Maisbauern, die ihre Felder mit dem Flusswasser speisen. Früher waren die letzten 140 km des Betsiboka schiffbar, aktuell ist dies wegen mangelnder Flusstiefe nicht mehr der Fall. Die Mangrovengebiete entlang der Flussmündung nehmen dabei ab, obwohl sie als wichtige Rückzugsorte für bedrohte Arten gelten. Zudem schützen Mangroven das Festland vor dem Wellengang des Kanal von Mosambik.